Pogrzeb rozpoczął się o godzinie 11:00 w kościele pw. św. ap. Piotra i Pawła w Opolu.
W ostatniej drodze zmarłemu biskupowi towarzyszyła rodzina, biskupi z diecezji kaliskiej, częstochowskiej, gliwickiej, katowickiej i opolskiej. Kościół pw. św. ap. Piotra i Pawła wypełnili również wierni, zgromadzenia zakonne oraz wielu kapłanów diecezji opolskiej.

Biskup Jan Bagiński został pochowany na terenie parafii p.w. św. ap. Piotra i Pawła w Opolu, obok zmarłych proboszczów tej parafii.
Na mszę św. pogrzebową przyjechało wielu wiernych, którzy chcieli towarzyszyć zmarłemu w ostatniej drodze.